Már közel ötezer éve ismerjük és használjuk a fokhagymát. Egyiptomi tekercsek és görög orvosi feljegyzések is megemlékeznek gyógyító hatásáról, amelyet számos betegség kezelésére alkalmaztak. Több fajta hatóanyag – vitaminok, enzimek, ásványi anyagok és nyomelemek – található meg benne.
Rendszeres fogyasztása bizonyítottan jó hatással van a koleszterinszintre, segíthet beállítani a vérnyomást, és egyes vizsgálatok szerint a vércukorszint stabilizálásában is szerepet játszik.
Baktérium- és vírusölő hatása is van, a benne lévő allicinnek köszönhetően: bizonyos mikroorganizmusok ellen még a penicillinnél is hatásosabb.
Emésztőrendszeri zavarokat előidéző kórokozók ellen is bevethető: gyomor panaszok ellen régi házi gyógymód a fokhagymaleves. Antibakteriális hatásának köszönheti, hogy a húsok egyik fontos tartósítószere évszázadok óta, hiszen például megakadályozhatja a baktériumok által okozott súlyos ételmérgezést, a botulizmust.
Vírusölő képessége miatt a bélhurut, a májgyulladás illetve a herpesz ellen is használható.
Felveszi a harcot továbbá bizonyos gombás fertőzések ellen is, ezért bőrgombák kezelésére is használnak fokhagymaoldatokat.
Sokan gyógyszerként, apróra vágva nyelik le a fokhagymát, hogy a szájban a lehető legkevesebb ideig maradjon, és ne hagyjon szagot maga utána.